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T3航站楼为目前世界上体量最大的单体航站楼，总面积100万平方米，年旅客吞吐能力5000万。整个航站楼采用分体式结构，分为T3C、T3D、T3E三个部分，整体结构南北长3000米，东西宽765米。楼体之间由APM系统(自动旅客运输系统)连接。
2008年2月29日，上午10点40分，从英国飞来北京的BA039号航班到港，北京首都机场T3航站楼迎来首批海外来宾。
均便于旅客出行，T3航站楼采用开放式出港值机大厅模式。为适应T3航站楼开放式格局的旅客流程需要，最大限度地便利旅客，同时保障海关***与服务职责的履行，海关顺应新的形势要求，采取顺势监管的模式。
因海关监管模式变化，在此提醒所有乘坐国际航班的旅客在T3通关时注意以下相关事宜：
无申报物品选择“绿色通道”通关的旅客，不需填写《申报单》。
自2008年2月1日起，海关已经在全国所有口岸旅检现场进一步实施旅客申报制度改革，对无申报物品选择“绿色通道”通关的旅客，不再要求填写《申报单》；对有申报物品选择“红色通道”通关的旅客，则要求必须填写《申报单》，向海关申报。对于从T3航站楼进出境的旅客同样是自行选择通道通关。
托运行李内有需要申报或办理其他海关手续的货物或物品的旅客要先向海关申报再办理托运手续。手提行李内有申报物品的旅客选择红色通道通关。
旅客如果出境时托运行李内有需要申报或办理其他海关手续的货物或物品的，应先到位于T3C四层值机大厅D、E值机区之间的海关申报柜***理海关手续，完成海关手续后再去办理行李托运手续。如果旅客先行将物品托运，再去办理海关手续，此时旅客的行李已经被送入机场行李传送系统，海关将无法核对旅客的物品。这一点是与以往海关申报截然不同的。
同时，手提行李内有需申报货物或物品的旅客，应先填写海关申报单，通过安检后，在海关监管现场、选择申报通道(红色通道)通关，并在海关申报柜***理申报手续。无需申报物品的旅客可直接选择无申报通道(绿色通道)通关。
有扣留物品需要跨楼(T2和T3)退运出境的旅客，要提前一个工作日办理相关海关手续。
由于首都国际机场T2、T3航站楼双楼运行国际航班，如果旅客出境时乘机航站楼与原入境时使用的航站楼不同，为确保旅客能顺利办理退运物品的提取手续，旅客一定要在出境前1个工作日与海关相关部门传真或电话联系，告知海关其《海关代保管／扣留物品凭单》编号、物品所有人姓名、出境航班号、出境时间及出境乘机航站楼。以便海关将该旅客的物品提前运至其出境的航站楼，保证该旅客能将有关物品顺利复带出境。海关联系、咨询电话85735785传真电话：64590507。
海关需要开箱检查托运行李的旅客，会在通过安检时得到海关检查提示。
旅客在进行人身安检时要特别注意提示，因为如果所托运行李需要海关开箱检查，旅客会在通过安检部门时得到相应的提示。
由于T3航站楼采用开放式值机大厅，海关对旅客托运行李的监管是刊用五级安检系统进行布控查验。行李布控是在旅客托运行李后进行的。对确认需要开箱检查的行李，行李系统会将该件行李自动分拣至海关开箱查验间，在海关实施检查后，行李才能配载装机。对行李需要接受开箱检查的旅客，旅客在进行人身安检时，安检部门将提示旅客到海关现场接受检查。在此需要提醒旅客，接到安检部门的提示后，务必按要求及时到海关现场办理相应手续。否则将会影响其正常登机或造成其行李无法装运。
首都国际机场T3航站楼出入境流程
乘坐直飞国际航班出境：
如果托运行李中有需要申报的物品，或需要办理其他海关手续，应在托运行李前先到D、E值机区之间的海关申报柜***理海关手续，手续完成后再将行李进行托运并换取登机牌。
如果旅客的手提行李内有需要申报的货物或物品，应先填写海关申报单，在通过T3E海关现场时走红色通道通关，并在海关申报柜台进行申报。
乘坐国际航班国内段出境(例如：北京－上海－洛杉矶)：
旅客乘坐国际航班国内段，如果托运行李中有需要申报的物品，或需要办理其他海关手续，应在托运行李前先到D、E值机区之间的海关申报柜***理海关手续，手续完成后再将行李进行托运并换取登机牌。
然后旅客从国内出发电梯到达国内航班安检现场，通过国内航班安检，如果托运行李需要开箱检查，国内航班安检人员会发给旅客海关提示卡。接到提示卡的旅客应到位于国际航班国内段海关监管现场的海关申报柜台与海关工作人员取得联系，接受托运行李开箱查验。
手提行李内有需申报货物或物品的旅客，应先填写海关申报单，在通过国际航班国内段海关监管现场时选择申报通道通关，并在海关申报柜***理申报手续。无需申报物品的旅客可直接选择无申报通道通关。
首都国际机场T3航站楼出入境流程
普通乘坐国际航班入境的旅客在到达T3E后，乘坐APM系统到达T3C提取行李，然后到达海关入境监管现场。如果旅客有需要申报或办理海关手续的货物或物品，应先填写海关中报单，然后选择申报通道通关，在海关申报柜***理相应海关手续，无需要申报物品的旅客可以直接选择无申报通道通关。在海关入境监管现场海关工作人员会对旅客行李进行抽检。
乘国际航班入境需要转乘国内航班：
旅客到达国际航班入境行李提取大厅提取行李后，应根据提示标识指引，前往中转大厅通过海关监管现场。如果旅客有需要中报或办理海关手续的货物或物品，应先填写海关中报单，然后选择申报通道通关，在海关申报柜***理相应海关手续，无需要申报物品的旅客可以直接选择无申报通道通关。在海关中转监管现场海关工作人员会对旅客行李进行抽检。
乘坐联乘航班入境(例如：阿姆斯特丹－北京－广州)：
旅客在T3E航站楼到达后，会被地面服务人员引导至国际航班国内段转入厅，经过安检后，到达海关监管现场。如旅客手提行李内有需申报的物品，应选择申报通道通关，在海关申报柜***理申报手续，无申报旅客可直接选择绿色通道通关，海关工作人员会对通过现场的旅客进行抽检。通过现场后旅客可以进入休息厅，等候登机。