学文网2003年SARS的爆发让人们认识到传染病信息报告及时性的重要，应决策层的要求，国家疾控中心从2003年底开始启动国家传染病与突发公共卫生事件网络直报系统项目，于2004年1月正式运行（这是全球最大的网络直报系统），并建设了一个大数据中心，现在每年有600～800万份的个案信息会由全国各地上报并存储。
截止目前，网络直报系统覆盖了全国所有县级及以上疾控机构，县级及以上医疗机构报告率达98%，乡镇卫生院报告率达94%，除了、青海的边远地区外，已经覆盖全国99%的人口。传染病的平均报告时间为0.8天。目前，该系统共覆盖39种法定传染病，建立了霍乱、血吸虫、鼠***、艾滋病、结核病、不明原因肺炎等单病种监测系统，并开发、实施了国家传染病自动预警系统。
马家奇说：“我们国家在传染病监测信息报告方面已经是全球领先，世界上没有哪个国家能有这么大的覆盖率。我们现在可以做到每天给国家卫生决策部门提供一份传染病监测报告，这是我们公共卫生信息化近年来取得的最大的成绩。”
六大功能
目前，国家传染病网络直报系统拥有六大功能：
一是提供基于Web的信息采集的功能。
二是实现对监测信息的分级和管理。例如，有些报告信息需要地（市）一级或者省一级去核实、订正或处理，有些信息只需要县（区）一级去做，这些权限控制必须合理分配。省级用户操作的功能，县（区）一级用户就不能操作，国家可以管理全国范围的信息，省级只能管理本省以下的信息，地（市）级只能看到本地（市）以下的信息，这就是分级管理。
三是设计基于模块化的统计查询。从每个监测个案如何能实时方便地得到监测结果，可以任意组合查询条件得到想要的结果，报表是定时自动统计的。因此自从直报以后，地方再也不需要向中央报告纸面报表，取消延续了50多年的纸面报表的报告形式。
四是提供基于地理信息系统的实时监控功能，能够实时观察到当前传染病的聚集性报告情况，可以快速地在空间分布上找出病例的分布情况。
五是通过系统平台可以实现动态评估或监控报告质量，这在过去是不可能做到的。因为通过每个个案信息作出报告质量评价，例如，国家规定甲类传染病2个小时内必须报告，乙丙类传染病必须在24小时内报告，报告时间减去诊断时间超过2个小时的甲类传染病有多少，除以报告总数，就能算出不及时报告率，把类似的N多指标综合起来一排序，质量好与差就能评价出来了。因此在月报里都有一张质量评价排序表，通过全国31个省互相之间的质量比较来逐步提高报告的信息质量。
六是利用系统平台提供及时的信息反馈功能。信息反馈是疾病监测的一个重要功能，通过信息反馈才能不断找到在监测活动过程中存在哪些问题或了解其它地区疾病流行的情况。因此国家每天通过监测日报，把截至之前一天24时全国发生的传染病***情进行分析，然后把较大的一些爆发***情逐个描述，形成监测日报。除了上报卫生行***部门以外，通过网络反馈到基层医疗卫生机构。
传染病信息分秒即达
2014年8月1日下午，通过中国疾控中心***情会商室的显示屏看到，浙江省宁波市鄞州区横溪卫生服务中心的医生正在对1例腹泻病人进行诊断，结果为感染性腹泻。这例传染病病例在15：02通过医院信息系统自动填报并经防保科人员审核，直接推送到鄞州区的区域平台后，自动地向市、省、国家的公共卫生数据采集交换平台上报，最后成功分拣到国家传染病网络直报系统。中国疾控中心传染病监测人员15：03在北京确认了病例报告，整个过程用时仅1分钟。至此，全国首次成功利用区域卫生信息平台和部署在市、省、国家的公共卫生数据采集交换平台实现了传染病数据交换。
虽然传染病直报系统改变了传染病监测信息管理模式，从原来的统计数字定期逐级报告转变为个案数据的实时网络直报，让邮寄传染病报告卡报告传染病***情成为历史。但该系统在临床医生完成传染病诊断手工填写传染病报告卡后，仍需要医院防保科医生再次将报告卡的内容手工输入直报系统，不仅增加了医院的工作负担，同时也增加了数据再次录入的错误概率。从医院信息系统中直接抽取传染病数据来改进医疗机构的传染病实时***报告，减少人工重复录入可能造成的信息错误，成为疾控信息化建设的迫切需求。
中国疾控中心近年来着力研究传染病数据采集标准、数据传输标准，建立可扩展的公共卫生监测数据采集和交换机制。通过接口改造能真实地将医生工作站诊治信息传递到区域卫生信息平台，通过公共卫生三级平台互联互通，实现传染病信息自动交换的网络报告。整个交换报告过程数据传递时间仅以秒计。同时也确保了传染病数据的及时性和准确性。
作为国家试点地区之一的鄞州区是浙江省非常具有代表性的区域卫生信息化示范区，该城区较早实现了辖区内医疗信息的互联互通。该区域卫生信息平台汇聚了各家医疗机构实时的诊疗信息。在各级行***部门、疾控中心、信息中心的共同努力下，鄞州区医疗机构率先开展传染病报告数据自动交换试点。经过近1年多的测试运行，目前数据自动交换传输稳定、正常、及时，准确率已符合网络报告要求，已具备取代手工网络报告的条件。
宁波市鄞州区传染病报告数据自动交换，是对目前传染病信息网络报告方式的升级与完善，对推进各地疾控信息化建设，提升业务支撑将产生积极的示范作用，是我国传染病报告方式的又一次飞跃。此举彻底改变了原来由医院医务人员手工填报传染病***情卡的流程，必将极大地提高医疗机构传染病数据报告的及时性和准确性。在试点的基础上，中国疾控中心将出台传染病报告等公共卫生监测系统的数据交换的技术方案和标准，指导条件成熟的区域卫生健康平台或医院信息系统实现公共卫生监测数据的自动交换。
马家奇说：“这种数据交换方式，一方面可以大大减轻医疗机构信息报告的工作量，因为它不需要额外地录入，在医生工作站或医院的服务流程里可以自动完成信息采集。另一方面提高了信息采集的质量，因为一旦医疗机构采集的信息触发了需要报告的引擎开关，信息就会自动提交到监测系统中，减少了中间录入的环节，相应地提高了信息采集的质量。” 据马家奇介绍，在传染病信息直报试点工作完成后，还将扩展到慢病的监测数据、实验性疾病的监测数据。
数据挖掘和利用是重点
但是难度并非没有，马家奇介绍，现在很多医疗机构的信息系统并不全是标准化的，这样直报系统在跟医院做数据交换时需要跟每家医疗机构沟通，这是非常大的工作量。“虽然这几年国家卫计委出台了很多卫生信息标准，但毕竟这些标准是滞后于医院的信息系统建设的，让医院进行信息化改造也是一件非常痛苦的事，而且成本也很高。但这毕竟是一个发展方向，慢慢总会朝这个方向发展的。”
此外，实施传染病信息直报10年来，中国疾控中心每年都会收到600～800万份个案卡片，这是完全由***府掌握的宝贵的公共卫生大数据资源，如何对这些大数据进行挖掘和利用，让这些数据变成真正能为公众提供服务的信息，也是中国疾控中心下一步的工作重点。
马家奇认为，目前还没有一个跟社会化力量合作的成熟的机制，找到双方共赢的契合点，可以让公共卫生信息数据发挥更大的作用。他希望将来能有更多的社会力量参与到公共卫生事业中来。