学文网贸易领域监管模式创新：上海自由贸易试验区将实施“一线逐步彻底放开、二线安全高效管住、区内货物自由流动”的创新监管服务新模式，这是与上海综合保税区的主要区别。所谓“一线”，是指国境线：“二线”是指国内市场分界线，也就是自由贸易试验区的空间分界线。创新监管模式提出要将一线监管集中在对人的监管，口岸单位只做必要的检验检***等工作，特别是海关方面将不再采用批次监管的模式，而采用集中、分类、电子化监管模式，达到自由贸易试验区内人与货物的高效快捷流动。
推动外贸物流创新发展：整合了外高桥保税区、外高桥保税物流园区、浦东机场综合保税区等四大保税区后的上海自贸区利好外贸物流。长江是全球最大的内河水运通道，被称为黄金水道。上海港90%的集装箱货源来自长江经济带，浦东机场将成为全球最大的货运机场也依赖长江经济带。
FTZ与FTA的本质区别：
中国（上海）自由贸易试验区（FTZ）：是根据本国（地区）法律法规在本国（地区）境内设立的区域性经济特区。这种方式属一国（或地区）境内关外的贸易行为，即某一国（或地区）在其辖区内划出一块地盘作为市场对外做买卖（贸易），对该地盘的买卖活动不过多的插手干预、且对外运入的货物不收或优惠过路费（关税）。与国际上传统自由贸易区（FTA）不同的是，传统自由贸易区是多个国家一起玩，游戏规则多国共同制定；而这种方式是一国在自个的地盘玩，自己地盘自己做主，游戏规则自己制定。
传统的自由贸易区（FTA）：是根据多个国家之间协议设立的包括协议国（地区）在内的区域经济贸易团体。指多个国家或地区（经济体）之间做买卖生意（贸易），为改善买卖市场，彼此给予各种优惠***策：至于怎样做买卖，不是某一国说了算，而是在国际协议的基础上多国合作伙伴一起商议制定游戏规则，按多国共同制定的规则进行。
上海自贸区肩负四项重大使命
上海自贸区建设的重大意义已被理论界普遍认可。面积达28.78平方公里的上海自由贸易试验区不仅是国内第一个真正意义上的自由贸易区，更是后WTO时代应对美国主导下的全球自由贸易新格局的重大举措，也是调整国内经济贸易结构、促进经济金融体制改革的先行试验区。专家也将其视为与1979年建立深圳特区、2001年加入WTO同等级别的重大改革举措。因此，上海自贸区的成立肩负了重大使命。
一是贸易自由化：即没有海关监管、查禁、关税干预下的货物自由进口、制造和再出口。上海要做贸易中心，尽管有航运的优势，但是比不过舟山和宁波，所以上海的目的不是做集装箱吞吐量最大的港口，而是做转口贸易和离岸贸易（伦敦不过就是几百万标箱）。这里面最核心部件有两个，一是吸引跨国公司总部（包括资金、运营和营销），另一个就是构架大宗商品交易平台。
二是投资的自由化：全面实施准入前国民待遇和负面清单管理。非禁即入，除了负面清单规定不能干的，其他都可以干。这特别针对的是服务业――金融服务、航运服务、商贸服务、专业服务、社会服务、文化服务，六大领域全部开放。实践证明，不管是制造业还是服务业，凡是对外开放比较彻底、积极参与全球资源竞合的领域，都会发展较好、竞争力变强。因此自贸区内投资大部分会实行备案制，取消外资持股比例或经营范围等诸多限制。
三是金融的国际化：这才是自贸区的真正内涵，其终极目的就是推动人民币国际化。必须要过的一关是放开资本项目管制。预期在自贸区内，投资和贸易相关的资金可以自由兑换，利率、汇率都是市场决定的，会积极探索面向国际的外汇管理改革试点，建立与自贸区相适应的外汇管理体制。以推进贸易投资便利化为重点，推动跨境人民币结算业务发展，扩大人民币在贸易、投资、保险等领域的使用。
四是行***的精简化：自贸区将实施“一线彻底放开、二线安全高效管住、区内货物自由流动”的创新监管服务新模式，“一线”指国境线，“彻底”被不断强调。因此自贸区建设最重要的工作之一是要在现有的开放试点里，化繁为简，减少行***成本，提供一条整合现有海关特殊监管区的有效路径。