生命的密码

1866年,当奥地利修道士兼种植爱好者孟德尔发表他的豌豆杂交论文时,科学界对遗传现象仍然一片朦胧。孟德尔宣称豌豆的遗传性状具有“全或无”的特征,而这些性状显然是通过亲子代之间的遗传物质来传递的。现在已经很难考证他为什么有如此先进的思想,或许,是因为他留意到了生物界普遍存在的雌雄二性吧。毕竟,雌雄之结合并不会产生不男不女的中间态。而按照“融合遗传”理论,相对性状会在子代中互相融合,如同墨水和清水的混合。

几乎与孟德尔的发现问世同时,瑞士生化学家弗里德里希・米舍尔在细胞核中发现了一种不同于蛋白质的小玩意,他称之为核素(到1899年,他的学生正式将其改名为核酸)。米舍尔的研究对象是绷带脓液,虽然样品令人作呕,但方便易得,省却了四处讨要血肉样本的麻烦;而且幸运的是,聚集在炎症区域的大量白细胞都有着硕大的细胞核。

但是,在20世纪的前三个十年,人们对蛋白质的兴趣明显胜过DNA。如果我们联想到生命活动的主要催化剂――酶其实就是细胞内的蛋白质,这种偏差其实也情有可原。对比了蛋白质和DNA的基本单位的数量之后,这种思想更是可以理解。组成蛋白质的氨基酸多达二十种,虽然最后一种苏氨酸直到1938年才被发现,但数最仍然远远多过核苷酸。氨基酸彼此之间以肽键结合成多肽链,如同一串珍珠。乍看起来,DNA有着和蛋白质类似的线性排列,但只有区区四种核苷酸。毫无疑问,同等条件下,蛋白质的信息存储能力将远远超过DNA。如果自然界也喜欢多多益善,那么蛋白质显然更有可能是遗传物质。

经过将近80年的曲折探索,DNA分子才无可争辩地夺回自己在遗传王国的王位,它的组分也早已明确,但结构却仍然难以琢磨。和名誉权争夺战的曲折不同,对DNA分子真面目的追求是在一路高歌中推进的。

核酸的秘密

米舍尔利用脓汁中的人体细胞,详细分析了核酸的成分,他发现了碳、氢、氧,当然还有最关键的磷和氮。进入20世纪之后,组成核酸的各种物质逐渐露出了原型,包括有五个碳原子的戊糖、磷酸基团、以及五种碱基:腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胞嘧啶C、胸腺嘧啶T和尿嘧啶U。

到了20年代,人们终于确认了脱氧核糖的存在,和普通核糖的区别仅仅在于戊糖中缺少氧原子;但由它们组成的脱氧核糖核酸(即DNA)却与核糖核酸(即RNA)有着天壤之别,胸腺嘧啶只出现在DNA中,在RNA中则被尿嘧啶所取代。无论DNA还是RNA,都只有四种基本单位:由戊糖(核糖或脱氧核糖)、磷酸和碱基组成的脱氧核糖核苷酸(AGCT)或核糖核苷酸(AGCU)。

核苷酸的各个组分的连接方式也已经清楚。在脱氧核糖核苷酸中,碱基和磷酸分别连接在脱氧核糖的1号和5号碳原子上,磷酸基团和相邻核苷酸的3号碳原子上的羟基相连,美其名曰3’,5’一磷酸二酯键,就像连接火车车厢的挂钩。像这种线性的排列方式,我们称为DNA的一级结构。显然,这并非DNA结构的精髓所在,只有更透彻地理解DNA的空间二级结构,我们才能对其控制遗传性状的行为有更合理的解释。

生物化学的贡献基本上到此为止,量子力学继续为余下工程提供研究:工具。当时有三路人马在追击DNA二级结构的胜利之果,剑桥大学的威尔金斯和富兰克林,在同一栋楼内的沃森和克里克,以及加州理工学院的鲍林。

经过一番激烈而充满激情的竞争,沃森和克里克脱颖而出。1953年4月,《自然》杂志就DNA结构同时刊发了三篇论文,奇怪的是,沃森和克里克的双螺旋假说论文被放在第一位,而实测数据紧随其后,似乎在验证该假说的正确性。显然,编辑已经以这种不同寻常的方式向世人宣告DNA结构已经被完美破解。

生命之梯――DNA双螺旋

沃森和克里克的DNA双螺旋模型如同一架生命之梯。整个分子

矗立古剑桥大学的DNA双螺旋模型向右盘旋向上,两条DNA分子互相缠绕,磷酸一戊糖链位于外侧,犹如楼梯的扶手;碱基位于内侧,与另一条DNA链上的特定碱基相对,构成了楼梯的踏板。碱基的配对有着严格的规则,AT之间有两个氢键,而G与C则通过三个氢键相配对,我们称为“碱基互补配对原则”。

虽然说双螺旋是DNA分子最显耀的特征,但其实碱基互补配对原则才是最精妙之所在。1950年时,通过改进纸层析技术,查加夫发现DNA中A与T,G与C的数量相等,这种规律后来被成为查加夫比率。按理来说,查加夫比率已经暗示(更确切地说,应该是明示)了DNA的双链结构和配对方法,而克里克托朋友计算哪些碱基最登对时,还没有听说过类似研究!

嘌呤家族都有两个碳环,而嘧啶碱基相对比较简单,只有一个碳环。嘧啶和嘌呤之间交叉配对,就保证了每块楼梯踏板的长度都能保持一致,因而整条DNA身材匀称,直径都保持在2纳米。台阶的长度一致,并且以同样的速率旋转,每前进一步就旋转36°,上升0.34纳米(这楼梯真够微型的),也就是说双螺旋每旋转一周有10个台阶。这些数据还意味着什么?意味着相邻的碱基对的π电子云(一种化学键的电子分布形态)可以互相重叠,形成碱基堆积力,因此整个DNA分子将是稳定的。这一点尤其重要。

DNA分子就如一个锦囊,指导着细胞在特定时期的活动,锦囊的保密性至关紧要。稳定的分子结构保证了这一点,而碱基互补配对原则,又为解决DNA分子的稳定复制提供了保障,“无疑是生物学有史以来最重要的发现”(雅克・蒙纳德)。

按照沃森等在《自然》杂志原文的说法,“我们注意到,我们所假设的那种特殊的配对机制,立即提示了一种可能的遗传物质的复制机制”。他们猜测,DNA分子解开螺旋之后,互补的核苷酸将会替补空位,从而形成两条杂交的新DNA分子。新分子的其中一条来自母链,另一条从头合成,这叫做“半保留式复制”。后来的梯度离心实验证明了这一点。我想,这也可以算得上是某种程度上的“融合遗传”吧?

承载海量信息的三联体密码

DNA现在面临一个重大问题,如何控制生命的特性?因为生命活动体现在酶的催化反应上,我们也可以说得更生化一点,DNA如何控制蛋白质合成?要知道,那个“从蛋白质到蛋白质”的“普世猜想,就在这个问题上裹足不前。

在那个认为DNA只是捆绑带的年代,DNA只需要把蛋白质捆成一扎,并不需要储备信息。理论上来说随意的线性排列均可,但当时的检测数据似乎表明,各碱基的比例相当,因此莱文提出了四核苷酸假说,DNA中的碱基以GCAT的顺序不断重复排列。无论是因为技术条件有限导致数据误差,还是他对美

感有所追求,虽然这一思想流毒甚广,但莱文对DNA结构的探索却值得肯定。

到了20世纪40年代,量子力学的奠基人薛定谔开创性地使用“非周期性晶体”这一名词,用来称呼一类并非简单重复的有意义结构。非周期性晶体是一长串有意义的设计,在遵循一定的规则之后,没有乏味的重复,因此可以承载海里信息。与此相对的是“周期性晶体,比如食盐结晶,只是基本单位的简单重复,某一部分都是其他部分的橡皮***章,信息含量少得可怜。很显然,遗传物质必须满足“非周期性晶体”的要求,虽然他并未提及遗传物质到底是DNA还是蛋白质,只是笼统地使用“染色体纤维”。而莱文的“四核苷酸假说”显然只是周期性晶体,不符遗传物质的特性。

这一理论出现在他那本叫做《生命是什么》的小册子中。这本小册子影响了一大批杰出的物理学家(包括克里克)进入生物研究领域,为生命研究注入了崭新血液。在书中,他还提到了“密码脚本”一词,我们现在称为遗传密码。薛定谔说,结构中的原子数不需要很大,就可以产生几乎无限的排列组合。他以莫尔斯电码为例,只需要点、划这两个密码符号,以最多4个为一组进行编码,可以得到30多种排列;若以3种密码符号五位一组编码,则组合将近9万种。

那么,由四种核苷酸组成的DNA应该如何编码呢?伽莫夫认为,以三位一组进行编码,可以产生64种组合,已经完全达到编码20种氨基酸的要求,而有些氨基酸可能对应着多组遗传密码。这就是具有“简并性”的三联体密码假说,有意思的是,伽莫夫的本职是物理学家,他的最大贡献在于提出了大爆炸模型。

蛋白质工厂

克里克同意伽莫夫的观点,当然不是因为宇宙大爆炸模型的魅力,而在于三联体假说具有极高的性价比,能够满足需求,又最为经济。在此基础上,他提出了著名的“中心法则, 认为遗传信息循着DNARNA蛋白质的途径流动,通过这一过程,遗传信息就能对生命活动进行切实的指导。

RNA就是解开DNA锦囊的钥匙,它的碱基既可以和DNA配对拓印遗传信息,又可以和RNA配对翻译密码。DNA位于细胞核内,而合成蛋白质的核糖体却位于细胞质内,两者之间必须有一个信使来传递信息,这就是mRNA(信使RNA)。mRNA的合成在形式上和DNA的复制基本一致,只是由RNA所特有的U与DNA模板上的A配对。

mRNA获得DNA上基因的指令后,屁颠屁颠地跑去给核糖体传达信息,但核糖体其实只是傻瓜机器,它没有任何主见,只是为信息的翻译提供几个卡位。当mRNA的三联体密码进入卡位时,与这个三联体互补的另外一种RNA(转运tRNA)也进入这个卡位,但tRNA的另一端还连着一个氨基酸呢,新的氨基酸通过肽键连接到前一个氨基酸上,如此一来,氨基酸就被一个个地在核糖体上排排座,形成了肽链。核糖体继续前进腾出新的卡位来进行下一步操作,看上去就像一个移动的拉扣,mRNA和多肽链就是两边的拉链。

简单说来,mRNA上的三个碱基就决定了由它翻译的氨基酸,我们把这三个碱基叫做密码子。问题在于,到底哪个或哪些密码子对应着哪个氨基酸呢?如果能够人工制造特定序列的mRNA那就太棒了。1961年,一个偶然的机会,尼伦伯格发现了全部由U组成的mRNA将产生多聚苯丙氨酸,因此推断UUU将翻译为苯丙氨酸。此后的一系列研究,逐渐破译了整张密码表。

在密码表中,除了色氨酸和蛋氨酸只有一个密码子外,其他氨基酸都对应着多个密码子。另外还有两个密码子既能翻译为氨基酸,也是整端密码翻译的开端;有三个密码子是终止密码子,告诉核糖体应该收工打烊。有了严格的密码表,哪怕是核糖体这一傻瓜机器,也足以保证遗传指令的严格执行。

遗传密码的乐趣在于,它似乎是整个生命世界的通行证。不论是在体内还是体外,从毒莓到橡树,从大肠杆菌到灵长动物,从病毒杀手噬菌体到赏金猎人箭毒蛙,遗传密码都能畅通无阻。或许,我们应该为拥有这样的一张通行证而自豪。

(责编 窦利红)

生命的密码

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