学文网内丹学源于先民的氏族原始宗教巫史文化，是神仙家将自占流传的王子乔、赤松子的行气术，彭祖、容成公、玄女、素女的房中术，羡门高、安期生的服食术相互融汇升华而成的。《楚辞・远游篇》可以看作早期的内丹学文献，其中透漏了王乔功法可以激发人体先天真气的信息。在内丹学中，先天真乙之气写作“”，以同后天的呼吸之气相区别，能否激发先天的精、气、神，是内丹学同一般行气之术(气功)的分界线。
先秦时期的《老子》和《庄子》是为内丹学的理论和功法奠定基础的著作。老庄学派的思想体系和“道”、“虚”、“静”、“无”等范畴，精气神等概念不仅为内丹学所沿用；而且其中“致虚极，守静笃”，凝神、守一、坐忘、心斋等修持工夫也被汲取为内丹法诀；老庄倡导的圣人、真人、仙人的境界更是成了内丹家遵循的行为模式和理想的目标。老庄之学为后世清修派和阴阳派内丹家所宗，老庄书中有关炼养的名句一直是内丹法诀的纲要。
先秦著名的《黄帝内经》和《黄帝阴符经》，其中也隐含有内丹法诀，今人尚少鉴别。历史资料证明，秦汉方仙道已秘传内丹修炼之术，这也可在《太平经》、《老子想尔注》等道书中找到踪迹。
东汉魏伯阳著的《周易参同契》，是第一部专门论述内丹法诀的仙学著作。《参同契》以周易象数学的卦爻作符号，以日月运行的规律作理论框架，以外丹炉火的铅汞反应作模型，来论述阴阳交感男女合暴的秘术。《参同契》之学认为炉火烧炼的地元丹法与阴阳栽接的人元丹法和清净孤修的天元丹法是相通的，可以统一在《参同契》的体系之中。《参同契》将男女双修的阴阳派丹法秘诀用隐语记载下来，贯通清修丹法和外丹炉火，被后世丹家尊为“万古丹经王”。《参同契》的传世，标志着内丹学的形成。
魏晋时传世的《黄庭经》和葛洪的《抱朴子内篇》，都隐藏有内丹法诀。《黄庭经》已开始将内丹称作“子丹”、“玄丹”，重点研习了存神、意守三丹田、内视、调息为主的清修丹法。《黄庭外景经》强调了头部泥丸官在炼神功夫中的作用。其中“中有真人巾金巾，负甲持符开七门，此非枝叶实是根，昼夜思之可长存”，和瑜伽术修七夫暗合，为中黄直透丹法。《抱朴子内篇》中亦隐有两段丹诀，一为《微旨》篇中的“真人守身炼形之术”，属清修丹法；一为《微旨》篇中的“二山求生之道”，属阴阳丹法。
隋唐时期，《周易参同契》在社会上公开传布，促进了内丹学的发展。据《罗浮山志》载，青霞子苏元朗于隋开皇中来居罗浮，归神丹于心炼，“自此道徒始知内丹矣”。唐代丹家以张果与司马承祯对内丹学之发展贡献最著。
自唐末、五代至北宋初年，内丹学突放异彩，在道教修炼方术中占据统治地位。著名内丹家崔希范、钟离权、吕洞宾、陈抟、刘操、施肩吾、陈朴、谭峭等高道以内丹学传功度人，使内丹功法趋于成熟和完善。崔希范所著《崔公入药镜》歌诀，为历代丹家推崇，实是阴阳双修秘诀。钟离权和吕洞宾之事迹被后世道士神化，各派丹家多认钟、吕为开山祖师。内丹学的历史，舍钟、吕则无从谈起。施肩吾为吕洞宾弟子，撰《钟吕传道集》和《西山众仙会真记》，述钟、吕丹法，对后世影响甚大。另有《灵宝毕法》、《仗破迷正道歌》等，皆题名钟、吕所作。其中，相传吕洞宾所著《敲爻歌》，为阴阳双修功夫法诀。钟吕丹法为性命双修、形神并炼的人体系统工程，以凝结精、气、神为基本功，以摄取先天一为要诀，次第分明，步步有验，吸引了不少修道者终生去从事这项人体实验。传说，钟离权得丹诀传吕洞宾、陈朴等人，吕洞宾之徒又有刘操(海蟾真人)、麻衣道者、施肩吾、何昌一、张中孚等。陈朴著有《陈先生内丹诀》，收入《道藏》，其法诀直指玄关，九转成功。吕洞宾之徒刘海蟾又传张伯端、曹迥、马自然、蓝元道、王庭扬、张继先等，为内丹大师。内丹学史上的关键人物，还有著名道教学者陈抟。陈抟字***南，自号扶摇子，赐号“希夷先生”，得麻衣道者所传钟、吕丹法，又从何昌一学锁鼻术，隐居华山。陈抟之学传种放、张无梦、火龙真人等，谭峭亦与陈抟相师友。陈抟著《指玄篇》并传《无极***》，奠定了“顺则生人，逆则成丹”的还丹原理和“炼精化，炼暴化神，炼神还虚”的基本步骤。陈抟又传“蛰龙法”，后世各派丹法俱受陈抟影响。
宋代以来，内丹学在发展中产生出许多流派，功法逐步达到炉火纯青的境界。要之，成熟的内丹学，由吕洞宾、陈抟、刘操传开，而后又有天元、地元、人元之分，门派有南、北、中、东、西之传。天元丹法，后世一般指北宗龙门派的清修功夫，但传统上将服食后可立地飞升的外丹称天元神丹。人元丹法，后世一般指南宗男女栽接的阴阳双修功夫，但也有人将南北宗性命双修的丹法统称为人元大丹者。地元丹法，一般指外丹黄白术，称地元灵丹。内丹各门派，皆推源于伏羲黄帝、王乔、赤松、老子。一派自称传自关尹子(文始真人)，号文始派，由陈抟传火龙真人。另一派依托东华紫府少阳帝君王玄甫(汉代人)，称少阳派，自称由王少阳传钟离权，钟离权传吕洞宾，后开南北宗诸丹派。文始派以虚无为宗，属无上至真之妙道，顿超直入，修性兼修命，乃天元丹法。少阳派主张性命双修炼养阴阳，以有为法而至于无为法，次第分明，便于人手，流传甚广，故丹家有以文始派最高，以少阳派最大的说法。实际上，这些众多的门派，从丹法上讲，略分两类，其一是阴阳双修的栽接法门，其二是清净孤修的胎息法门，其它不过是清修派和阴阳派的结合体而已。
内丹学南宗以张伯端为开山祖师。张伯端，号紫阳真人，天台人，晚年得道，著《悟真篇》，将《周易参同契》的内丹秘诀公诸于世。张伯端传石泰(号杏林)，石泰传薛道光(法号紫贤)，薛道光传陈楠(号翠虚，人称陈泥丸)，陈楠传白玉蟾(号海琼子，封紫清真人)，被后世尊为南宗五祖。张伯端又传马自然、刘奉真等；刘奉真即刘永年，字广益，号顺理子，传丹法于翁葆光，翁葆光又传若一子，为阴阳双修法门。薛道光为修丹功，由僧还俗，所习亦为阴阳法诀。而白玉蟾之丹法则为清修派，门徒甚众，形成教团，其徒以萧廷芝、王金蟾、彭耙、留元长、洪知常、桃源子、林自然等较为著名。
南宗丹法与北宗相较，在性命双修的前提下较重命功，其丹法先修命后修性，先术后道，形成一套次第分明的人体系统工程。南宗所传阴阳栽接功夫，在炼精化一步，主张由彼家身上采取先天一之坎中阳爻，和自家离中真阴合而成丹。陆彦孚、戴同甫、陆子野、甄九映、陶素相、李文烛、彭好古、仇兆鳌、傅金锉等皆主阴阳丹法，尊奉《参同契》和《悟真篇》，遂使阴阳丹法成为南宗特色。
北宗创自金代全真教祖王重阳。王重阳名，字知明，号重阳
子，陕西人，于甘河镇上遇异人授丹诀，炼养三年丹成。后王重阳东游山东半岛传道，收马钰(号丹阳子，创遇山派)、谭处端(号长真子，创南无派)、刘处玄(号长生真人，创随山派)、邱处机(号长春子，开龙门派)、王处一(号玉阳真人，开箭山派)、郝大通(号广宁真人，开华山派)、孙不二(马钰之妻，号清静散人，开清静派)。王重阳所创内丹为禅道结合的清修法诀。北宗丹法先性功后命功。重在性功，以邱处机的龙门派为代表。其法诀在于降心炼性，把断眼耳口鼻四门，不令外景人内，使心如止水，性似明镜，凝合神，回光寂照，以改造人体素质。王重阳及全真七子皆用了数年时间***修道，道成之后皆开发出人体潜能，个中秘诀，大约就在“活死人”三个字上。全真道乃融汇儒释道三教之道，内丹北宗亦汲取了禅宗、密宗、瑜伽功夫的长处，对南宗内丹功夫有所革新和发展。然而南北宗丹法既同源于钟吕内丹系统，则在本质上是统一的，都是对人体精气神的凝炼工程。实际上北宗马钰、刘处玄皆习过男女双修丹法。自马钰、宋德方、李双玉、张紫阳，到赵友钦(缘督子)、陈致虚一脉相传，为北宗主阴阳双修的支派。
元初全真道士李道纯，住扬州仪真长生观，著《中和集》、《三天易髓》等书，创内丹中派。中派以内丹学解《中庸》、《心经》等儒释之书，采用禅宗打坐、参究诸手段，追求明心见性。李道纯以“守中”一着为丹法要诀，认为这“中”字便是玄关，识得中字，守中致和，自然虚极静笃，明心见性，直超圆顿。中派丹法乃是一种明心见性的清修功夫。清末道士黄元吉，著《乐育堂语录》、《道德经注释》、《道门语要》，以守中为一贯功夫。黄元吉认为，渐法修炼自炼精化入手，舍守中一着功夫，别无二途可循。明代所传丹经《性命圭旨》，亦含守中要诀。
明万历年间。又有扬州兴化县陆西星创立内丹东派。以扶乩托言吕洞宾降其草堂，亲授丹诀。陆西星著《周易参同契测疏》、《玄肤论》、《金丹就正篇》等书，收入《方壶外史丛编》中，解开了《参同契》、《悟真篇》的丹法之秘。东派丹法力主男女栽接成丹，是中老年人修炼的上乘功夫，适宜夫妻双修双成。
清代道光年间，又有四川乐山县人李西月，字涵虚，号长乙山人，自言得吕洞宾与张三丰内丹之法，创立西派。李西月以陆西星的后身自居，著有《三车秘旨》、《道窍谈》、《后天串述》等书，亦传男女双修的阴阳丹法。西派丹法以清净自然立基，以阴阳妙用成丹，用彼家之铅，炼养我家之汞，使彼我相资，同类相补，达到返本还元的目的。
明末龙门派第八代弟子伍守阳，号冲虚子，江西南昌辟邪里人，得虎皮张静虚真人经李虚庵至曹还阳所传之丹诀，著《天仙正理直论》、《仙佛合宗》，倡导一种儒释道三教圆融的清修丹法。至清代柳华阳出佛人道，著《金仙证论》、《慧命经》，对伍守阳丹法加以系统化的整理与发展，世称伍柳派。直至近世又有赵避尘著《性命法诀明指》，得柳华阳之徒了空禅师和刘名瑞之传，开创千峰派。
元明间道士张三丰，是可和吕洞宾、张伯端相比肩的著名内丹家。张三丰的丹法，据称，传自火龙真人，称为隐仙派，其法诀采清修派与阴阳派之长，著有《无根树词》、《大道论》、《玄机直讲》等，清代祖述张三丰的丹派有自然派、日新派等十多家。元末道士王道渊，著有《还真集》、《道玄集》等，亦为一代内丹大师。另有清代高道刘一明，号悟元子，著《道书十二种》，以儒家理学诠释内丹学。龙门派道士闵小艮，道名一得，隐于金盖山中，撰成《金盖心灯》及《古书隐楼藏书》，阐述先天气循脊缝中直升直降的中黄直透丹法。南无派丹师刘名瑞，号盼蟾子，著《盼蟾子道书三种》传世，亦为近世内丹大家。
汉唐以来修炼有成的内丹大师还多，内丹学著作亦不下千余种。就内丹门派而论，还有青城派、崆峒派、南宫剑仙派以及雷法的神霄派、清微派、天心派等，皆有独自的特点。
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